千歳線で唯一の地下駅です。地下１階が出札等、地下２階のホームは１面２番線です。昼間の時間ではどちらかのホームに札幌方面の電車が止まっています。南千歳までは単線区間です。空港ターミナルビルに直結していますが、地下駅から出発ロビーの２階まで一気に上がることになります（エスカレータはあります）。JASでは千歳着陸後電車の出発時刻を案内してくれます。
駅が地下にあるためか、駅名表示は行灯（天井吊り下げ）式のだけ、看板式やたてがきひらがなの表示はありません。柱にたてがきひらがながあってもいいかなと思いますが…それにホームにベンチがないのですね。建前はホームに下りれば最低どちらかの番線に電車が居る、かららしいですけど待ってる間ベンチにちょっと腰掛けて…という光景も捨てがたいし。